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Ein möglicher molekularer Marker sind Transposons.
Transposons sind mobile genetische Elemente. Sie können ihre Position im Genom verändern. Wenn sie in ein Gen inserieren, können sie dadurch eine Mutation auslösen.
Wenn man weiß, dass eine Mutation durch ein Transposon ausgelöst wurde, kann man das Transposon als Marker zur Isolierung des Gens benutzen.