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In den Kapiteln 2 und 3 haben wir anhand genetischer Analysen Rückschlüsse auf die Funktionen von verschiedenen Genen und deren Interaktionen gewonnen. Diese formalgenetischen Analysen sind bei Drosophila ein sehr mächtiges Instrument, mit dem sich auch komplexe entwicklungsgenetische Vorgänge sehr detailliert aufklären lassen.
Endgültige Sicherheit darüber, welche Funktion ein Genprodukt hat, ob es z. B. ein Transkriptionsfaktor, ein Rezeptor, ein Enzym oder ein Strukturprotein ist, bringt aber erst die molekulare Analyse des Gens. Dazu muss das Gen kloniert werden.