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Um den richtigen Klon in einer Bibliothek zu identifizieren, benötigt man in der Regel eine Sonde. Dies kann z. B. ein Teilstück der gesuchten DNA-Sequenz oder ein homologes Gen (z. B. aus einem verwandten Organismus) sein.
Spezielle cDNA-Bibliotheken (Expressionsbibliotheken) können auch mit Antikörpern gegen das Produkt des gesuchten Gens abgesucht werden. In jedem Fall benötigen diese Methoden gewisse Vorkenntnisse über Struktur oder Funktion des gesuchten Gens.
Gerade bei entwicklungsbiologisch relevanten Genen liegen derartige Informationen häufig nicht vor. Selbst wenn man aufgrund der Analyse der Mutanten vermuten kann, dass das Gen z. B. einen Transkriptionsfaktor codiert, hilft das nicht weiter, da es Tausende verschiedener Transkriptionsfaktoren im Organismus gibt.